Българин по произход, внук по бащина линия на Софроний Врачански, висш чиновник в Османската империя. Роден в Котел. След като завършил гръцкия лицей “Св. Сава” в Букурещ, станал учител в Цариград. От 1812 до 1819 бил окръжен управител в Галац, а през 1821 – каймакам на Влашко. През 1822 заемал същата длъжност и в Молдова. От 1823 до 1825 бил драгоман на османската флота. След това изпаднал в немилост и в продължение на пет години бил заточен в Мала Азия. През 1829, след подписването на Одринския мир, султан Махмуд II (1808-1839) го привлякъл за свой съветник, дал му титлата княз, а след това го назначил и за управител на о. Самос. През управлението на султан Абдул Меджид (1839-1861) Богориди бил член на Танзиматския съвет и имперски съветник. В качеството си на висш османски сановник Стефан Богориди подпомагал много българи от родния си град и др. краища на страната. Той издействал разрешение от султана за изграждане на българска черква в Цариград (наречена “Св. Стефан”), която след това играла важна роля в църковно-националната борба на българския народ.
